Déjà les connaissances, en plus de "Lore" fourre-tout, sont assez nombreuses en 3ieme : Medecine (?), Anatomie, Chasse (???), Theologie, Underwold/kuenai (nom donnée dans la Voie du Loup), Outremonde, Art de la magie, Know The School, Divination, Art de la guerre.
Il me semble qu'il y a un tri à faire.
Medecine ne merite pas d'être un Lore, puisque il y a anatomie et c'est double usage. Quelle est la partie théorique de medecine sachant que le corps est dans anatomie et le mystique dans théologie ou shintao ? Précisons que la medecine Rokugani ne fait aucune chirurgie et se base sur des principes poético-mystiques assez différents des choses qu'on apprend en Anatomie.
Theologie est séparé de Shintao allant sur la compétence Philospohie. Connaissance des Royaumes Spirituelles est là pour compléter sur les autres royaumes, sauf Jigoku. L'emphase sur le ningen-do donnerait des infos détaillés sur les esprits élémentaires de Rokugan, celle sur le yomi sur les ancêtres, etc... Shintao, tant qu'à lui, est adapté pour les questions d'ordres célestes.
Chasse n'a rien d'un savoir, mais plutôt un savoir-faire. Connaissance de la Nature s'occupe de la partie théorique.
Art de la magie ne s'occupe que de la magie en elle-même, pas des esprits.
Pour ce qui est des compétences de connaissances proprement dit, je vois pour l'instant :
Connaissance (Famille) : Clan c'est trop large selon moi (sauf pour les clans mineurs). Cela donne des bonus pour le social avec cette famille, et des infos sur les coutumes/les gens de pouvoirs/la pégre locale
Droit : notons l'emphase "nepotisme" qui s'applique pour être un gouverneur corrompu mais qui prend le moins de risque légaux possible (le juriste anti-proces quoi)
Connaissance Nature : uniquement les aspects naturels et le symbolisme paysan, pas les esprits et cotés mystiques divers, géré par Connaissance des Royaumes Spirituels.
Histoire : l'histoire, vu par les historiens officiels (pas de vue par un clan particulier, ca c'est l'emphase Histoire de connaissance : famille) L'emphase Connaissance Occulte (faute de mieux) donne la connaissance des manipulations, tractations secrête et autre faits occultés de l'histoire.
Conn.Shugenja est dans Art de la Magie
Conn. Bushido est (selon moi) dans Philospohie
Divination sert aussi à connaitre les superstitions diverses, y compris les trucs de grands-mére pour débusquer l'oni (ou le maho-tsukai).
Philosophie regroupe les principes de vie d'un samurai : shintao, bushido, mais aussi la connaissance du Commandement d'Akodo, et des autres livres du genre (comme L'art de la Cours ou les écrits de Sun Tao
Je vais tacher de développer les compétences, de donner des emphases à tout cela et de mettre les domaines oubliés, mais en attendant toute remarque est bienvenue

Edit : certaines choses ont été remanié donc les réponses ne sont plus cohérentes avec ceci.