pour les 2 permieres question, ca vient des concepteurs admins d'avant. Le on peut l'eviter.
La difference de taille vient du css. Pourquoi un tel choix je l'ignore.
Pour les sous repertoires, en standard tu peux referencer des objets qui sont ailleurs dans l'architecture du site, mais quand tu fais un include d'un fichier qui lui meme va chercher des objets ailleurs c'est la que ca foire... C'est donc un choix entre facilite d'emploi de Templates en include, et categories/repertoires des pages HTML, il semble bien qu'on ne puisse pas avoir les deux, sauf a mettre les chemins des objets en dur (ce qui pose un autre pb et n'est pas conseille depuis bien longtemps deja).